การได้รับรังสีเข้าสู่ร่างกาย อาจเสี่ยงต่อการเกิดปัญหาสุขภาพจากการได้รับรังสีมากเกินไป แต่ยังไม่พบว่าการทำ CT Scan จะส่งผลกระทบที่เป็นอันตรายในระยะยาวได้ และด้วยเทคโนโลยีทางการแพทย์ในปัจจุบัน มีโอกาสที่ผู้ป่วยจะเสี่ยงต่อการเป็นโรคมะเร็งจากรังสีใน CT Scan น้อยมาก อย่างไรก็ตาม ความเสี่ยงในการเกิดมะเร็งในผู้ป่วยที่ทำ CT Scan จะเพิ่มสูงขึ้นเมื่อผู้ป่วยเป็นเด็ก หรือเด็กโต และผู้ที่เข้ารับการตรวจด้วยการฉายรังสีเป็นประจำ

ปฏิกิริยาตอบสนองต่อสารทึบรังสี มีโอกาสที่ผู้ป่วยที่ต้องใช้สารทึบรังสีจะมีอาการแพ้หลังจากได้รับสารเข้าสู่ร่างกาย เช่น มีผดผื่นคัน หายใจติดขัด ปวดท้อง ระบบทางเดินอาหารผิดปกติ เป็นต้น

เสี่ยงเกิดอันตรายต่อทารกในครรภ์ รังสีจากการสแกนอาจกระทบต่อทารกในครรภ์และทำให้เกิดความผิดปกติซึ่งเป็นอันตรายต่อเด็กที่จะเกิดมา หากผู้ป่วยตั้งครรภ์ แพทย์จะแนะนำให้ใช้วิธีการอื่นในการตรวจวินิจฉัย

เสี่ยงเกิดอันตรายต่อทารกแรกเกิด สารทึบแสงที่อยู่ภายในร่างกายอาจส่งผ่านไปยังทารกในขณะที่ผู้ป่วยให้นมบุตร ทำให้เด็กมีความเสี่ยงต่อการเกิดปัญหาสุขภาพจากการได้รับสารทึบรังสีเข้าสู่ร่างกาย